O início do povoamento da região começou na fazenda Água Limpa, doada a Santa Luzia em 1927 por Bernardino Vivaldo dos Santos e Francisco José de Moura. Em 1929, os proprietários de terra fizeram uma promessa a Nossa Senhora da Abadia e Santa Luzia para livrar suas fazendas do saque na passagem dos revoltosos. Em cumprimento a essa promessa foi construída uma capela que deu origem ao povoado, mantendo o nome de Água Limpa.
Em 4 de janeiro de 1935, o povoado foi elevado a distrito pelo Decreto-Lei nº 113, subordinado a Mataúna ((Palmeiras de Goiás), dando-se sua instalação no dia 6 de março do mesmo ano. A construção da rodovia Goiânia-Rio Verde, a partir de 1936, contribuiu para o progresso da região, oferecendo um forte impulso de progresso ao distrito.
Em 31 de dezembro de 1943, pelo Decreto-Lei Estadual nº 8305, a cidade passou a chamar-se Jandaia devido à abundância de pássaros da espécie Maritaca Jandaia.
