Diferente de outros municípios goianos que tiveram origem através da fé católica, o inicio do município de Cristalina foi marcado pela existência de cristais de rocha na região. E essa história começa por volta do ano de 1797, quando bandeirantes em busca de ouro e esmeraldas descobriram a existência do Cristal de Rocha. Na época o minério possuía pouco valor. Porém, em 1879 com a vinda de dois franceses Etiene Lepesqueur e Leon Laboissére, provenientes da cidade vizinha de Paracatu ganharam uma quantidade de quartzo, que depois enviaram para a França, conseguiram aceitação e foram vendidas por um bom preço. Estabeleceram-se no povoado, comercializando o minério com bons lucros. Devido à qualidade do mineral, foram transformadas em instrumentos de ótica e em ricas peças de artesanato. Em 1880 os franceses foram para à “Serra dos Cristais”, em busca do cristal. A notícia se espalhou, o que atraiu dezenas de garimpeiros de Paracatu, Santa Luzia e outras localidades. O cristal foi distribuído em grandes centros de lapidação, como Idar-Oberstein na Alemanha, Verona na Itália, Antuérpia na Bélgica e nas indústrias de aparelhos óticos da França e Alemanha.
A partir daí o vilarejo começou a crescer, porém, foi somente em 1884 que o local atraiu um cerco numero de pessoas que contribuíram para o desenvolvimento do povoado, mesmo assim a elevação para distrito só aconteceu em outubro de 1901, recebendo o nome de São Sebastião dos Cristais e a emancipação se deu em julho de 1916, mas somente em maio de 1918 o nome de São Sebastião dos Cristais, foi mudado para Cristalina. Até o final da década de 1970, a mineração e comercialização de cristal foram as principais atividades econômicas da cidade. Mas isso mudou com a chegada de produtores vindos da Região Sul do Brasil que fizeram surgir uma nova atividade, a agricultura.
Atualmente Cristalina se destaca como o maior produtor de milho doce e alho nobre do país, maior produtor de cebola e batata do Centro-Oeste, maior produtor de feijão da região, maior produtor de café do Estado, além de ter a maior área irrigada de trigo do país. O município possui a maior área irrigada da América Latina, são mais de 200 mil hectares de produção em sequeiro e mais de 40 mil hectares de produção. Na produção de sequeiros destacam-se soja, milho, feijão, algodão, sorgo e arroz. São gerados 8000 empregos somente em uma das etapas de produção.
Apesar de ter conquistado uma nova fonte de renda, Cristalina não deixou a exploração dos cristais, a cidade é considerada o maior centro de comercialização de pedras do Brasil, o município também possui a maior reserva de cristal de rocha do mundo, sobre a qual a cidade foi construída, por essa razão muitos dizem que a cidade é mística.
Em busca da matéria-prima (o cristal), o município tem atraído artesãos e turistas de todo o país. Por essa razão são gerados inúmeros empregos diretos e indiretos, tanto na exploração do mineral quanto em sua comercialização. Dessa forma, o segmento tem um lugar importante na economia da cidade.
Cristalina ainda tem outro grande potencial econômico, o turismo, a cidade é banhado por 256 rios, possui ainda riachos, ribeirões, veredas, nascentes, diversas cachoeiras, o lugar é ideal para prática de esportes radicais, trilhas e ecoturismo.
Hoje Cristalina é uma das cidades do estado de Goiás que se apresenta como um ótimo lugar para se investir e oferece uma excelente qualidade de vida para se morar.